高校、科研機構(gòu)等創(chuàng)新主體承擔的科研項目根據(jù)經(jīng)費來源，一般分為縱向項目和橫向項目兩大類。
縱向項目是指從國家部委和各省市納入財政計劃的科研撥款中直接獲得經(jīng)費的項目，如國家重點研發(fā)計劃、自然科學(xué)基金等。橫向項目一般是為具體部門、企業(yè)等主體解決工作中的難題和技術(shù)攻關(guān)而立項，通過提供技術(shù)開發(fā)、技術(shù)咨詢等服務(wù)而獲得經(jīng)費和酬勞的合作形式，不涉及財政資金?？v向項目和橫向項目在經(jīng)費管理方面存在較大區(qū)別，經(jīng)費的激勵分配也不盡相同。
一、縱向項目：間接費用可全部用于績效支出
對于縱向項目，高校院所須按照國家和所在單位的相關(guān)制度嚴格執(zhí)行，資金使用范圍有明確的規(guī)定，人員激勵分配機制也較為明確。
2021年8月，國務(wù)院辦公廳印發(fā)《關(guān)于改革完善中央財政科研經(jīng)費管理的若干意見》（國辦發(fā)〔2021〕32號），在加大科研人員激勵力度方面，提出：
一是間接費用可全部用于績效支出。財政科研項目資金支出分為直接費用和間接費用。前者是指在項目研究過程中發(fā)生的與之直接相關(guān)的費用，如設(shè)備費、材料費、測試化驗加工費、勞務(wù)費、專家咨詢費等；后者是指項目在組織實施過程中發(fā)生的無法在直接費用中列支的相關(guān)費用，包括管理費用、績效支出等。
其中，間接費用按照直接費用扣除設(shè)備購置費后的一定比例核定，由項目承擔單位統(tǒng)籌安排使用?！度舾梢庖姟芬?guī)定，項目經(jīng)費500萬元以下的部分，間接費用比例為不超過30%，500萬元至1000萬元的部分為不超過25%，1000萬元以上的部分為不超過20%；對數(shù)學(xué)等純理論基礎(chǔ)研究項目，間接費用比例進一步提高到不超過60%。項目承擔單位可將間接費用全部用于績效支出，并向創(chuàng)新績效突出的團隊和個人傾斜。
二是穩(wěn)定支持科研經(jīng)費可提取不超過20%作為獎勵經(jīng)費。允許中央級科研院所從基本科研業(yè)務(wù)費、中科院戰(zhàn)略性先導(dǎo)科技專項經(jīng)費、有關(guān)科研院所創(chuàng)新工程等穩(wěn)定支持科研經(jīng)費中提取不超過20%作為獎勵經(jīng)費，由單位探索完善科研項目資金激勵引導(dǎo)機制，激發(fā)科研人員創(chuàng)新活力。獎勵經(jīng)費的使用范圍和標準由試點單位（擴大至所有中央級科研院所）自主決定，在單位內(nèi)部公示。
《若干意見》提出“合理核定績效工資總量”，但未直接明確間接費用中列支的績效支出，以及從穩(wěn)定支持科研經(jīng)費中提取的獎勵經(jīng)費，與國有企事業(yè)單位績效工資總量管理之間的關(guān)系，但我們看到部分地方科技計劃項目經(jīng)費管理辦法已有所突破。
例如，2021年9月北京市財政局和北京市科委、中關(guān)村管委會印發(fā)的《北京市科技計劃項目（課題）經(jīng)費管理辦法》（京財科文〔2021〕1822號）規(guī)定：實行工資總額管理的承擔單位從科研經(jīng)費中列支的編制內(nèi)有工資性收入科研人員的績效支出，一次性計入當年本單位績效工資總量，但不受核定的本單位績效工資總量限制，不作為核定下一年度績效工資總量的基數(shù)，不作為社會保險費繳納基數(shù)。
2023年2月廣州市科技局印發(fā)的《廣州市科技計劃項目經(jīng)費管理辦法》（穗科規(guī)字〔2023〕2號）明確：項目承擔單位屬事業(yè)單位或國有企業(yè)的，在間接費用中列支的績效支出以及從穩(wěn)定支持科研經(jīng)費提取發(fā)放的獎勵支出，納入單位績效工資總量單列管理，不計入單位績效工資總量調(diào)控基數(shù)。
二、橫向項目：經(jīng)費支出一般按約定執(zhí)行
對于橫向項目經(jīng)費使用，一般從雙方合同約定，也有一些單位和地方給出相關(guān)指導(dǎo)意見或管理規(guī)定。
例如，2016年8月中科院和科技部聯(lián)合印發(fā)的《中國科學(xué)院關(guān)于新時期加快促進科技成果轉(zhuǎn)移轉(zhuǎn)化指導(dǎo)意見》（科發(fā)促字〔2016〕97號）規(guī)定，對橫向課題經(jīng)費和縱向課題經(jīng)費施行分類管理，橫向課題經(jīng)費管理實行合同約定優(yōu)先；院屬單位應(yīng)與合作單位依法簽訂合同或協(xié)議，約定任務(wù)分工、資金投入和使用、知識產(chǎn)權(quán)歸屬、權(quán)益分配等事項，經(jīng)費支出按約定執(zhí)行。
2018年11月湖北省財政廳印發(fā)的《湖北省省屬高校院所橫向科研項目經(jīng)費管理辦法》（鄂財教規(guī)〔2018〕9號）規(guī)定，橫向科研項目結(jié)題驗收后，結(jié)余經(jīng)費由研發(fā)團隊（研發(fā)團隊公司）自主使用。鼓勵研發(fā)團隊（研發(fā)團隊公司）用結(jié)余經(jīng)費進行后續(xù)科研活動；鼓勵研發(fā)團隊（公司）用結(jié)余經(jīng)費以創(chuàng)業(yè)資本或增資入股形式創(chuàng)辦科技企業(yè)；鼓勵研發(fā)團隊（研發(fā)團隊公司）用結(jié)余經(jīng)費為招收的全日制本科生、碩士研究生、博士研究生繳納學(xué)費。
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