單位層面建設是業(yè)務層面建設的基礎，如果說業(yè)務層面是“花”，那么單位層面就是“土”。其中，組織架構是單位層面建設的基礎，所以，單位應該首先要做的工作就是清晰界定各部門的職責、權限、工作內容、隸屬關系等等。
與企業(yè)不同，單位內部機構的設置是由“三定”規(guī)定依法確定的，單位根據(jù)國家賦予的職能和內部控制的目標，結合各項具體工作的內容、性質及其之間的關系，在橫向上設置各內設機構，包括辦公室、人事科、財務科等等。在縱向上劃分管理層次，地市級和縣區(qū)級的單位一般可分為三個層級：領導班子、各科室負責人、基層崗位人員，確定各科室之間的分工協(xié)作關系及責任邊界，從而構建一種科學、規(guī)范、合理的組織架構模式。 單位組織架構的設計一般遵循以下原則：
一、制衡性原則
單位明確內部控制的決策機構、執(zhí)行機構和監(jiān)督機構，合理分配各機構權責，形成三權分離、互相制衡的工作機制，同時確保監(jiān)督機構的相對獨立性。很多單位將財務科設定為政府采購業(yè)務的牽頭部門，這在一定程度上違反了制衡性原則，我們認為設定辦公室為牽頭部門更為妥當。
二、適應性原則
根據(jù)現(xiàn)有組織機構設置和編制情況，結合單位實際，采取建立聯(lián)合工作小組等方式，靈活設計和確定符合《內部控制規(guī)范》要求的牽頭部門和關鍵崗位人員。內控建設這項工作比較復雜，一般情況下，地市、區(qū)縣級單位任何一個部門都難以獨立承擔這個責任，所以最好是采取建立內控工作小組的方式。
三、協(xié)同性原則
內部控制建設工作要確保組織架構設計立足于實現(xiàn)單位實際和內部控制目標，全面考慮經(jīng)濟業(yè)務活動的決策、執(zhí)行和監(jiān)督全過程。對于重要經(jīng)濟業(yè)務活動和經(jīng)濟業(yè)務活動的重大風險，在進行組織架構設計時要作出重點安排，合理設置主責部門和配合部門，提高內部控制協(xié)同性，降低內部控制成本。比如，政府采購是高風險業(yè)務，設定辦公室牽頭并不是說其他部門就沒有責任了，辦公室主要履行擬定制度、審核和監(jiān)督等職責，采購申請部門、采購執(zhí)行部門和財務部門都應該明確各自的責任，在《內部控制手冊》中應清晰的界定。
這里所稱組織架構是基于內部控制建設需求的設計，主要內容是決策機構、執(zhí)行機構和監(jiān)督機構的設置以及三者之間的權責分配。決策機構是單位的權力中心，設計是否合理直接決定內部控制的運行效果；執(zhí)行機構是決策的具體承辦部門，設計是否合理直接影響內部控制的執(zhí)行效率；監(jiān)督機構是約束決策機構和執(zhí)行機構正常運行的關鍵，是單位內部控制得以有效實施的重要保障。決策機構就是局黨組會、局長辦公會等，執(zhí)行機構是各科室，監(jiān)督機構比較難以設定，因為現(xiàn)在地市、區(qū)縣級單位“三定”規(guī)定中一般都不會有獨立的審計、紀檢科室，我們建議單位可以采取成立評價與監(jiān)督小組的變通方式予以解決。
根據(jù)《指導意見》“堅持全面推進”基本原則的要求，內部控制應覆蓋單位經(jīng)濟業(yè)務活動的全范圍，貫穿內部權力運行的決策、執(zhí)行和監(jiān)督全過程，規(guī)范單位內部各層級的全體人員，注意，是“全體人員”。因此，依據(jù)《中國共產(chǎn)黨章程》、《中華人民共和國工會法》等相關法規(guī)設立的黨群組織也在內部控制的范圍之內，有些單位有工會、團委等獨立設置的科室，但“三定”規(guī)定中沒有體現(xiàn)，這些科室和人員也應該在內控的范圍之內，因為這些科室是內控的執(zhí)行部門，比如差旅費報銷等。
《內部控制規(guī)范》第十三條指出：單位應當單獨設置內部控制職能部門或者確定內部控制牽頭部門，負責組織協(xié)調內部控制工作。同時，應當充分發(fā)揮財會、內部審計、紀檢監(jiān)察、政府采購、基建、資產(chǎn)管理等部門或崗位在內部控制中的作用。 這段話包含幾層意思：內控是一項全員全系統(tǒng)的工作，涉及到單位各科室、各崗位人員，大家都負責其實就是都不負責，所以要設定一個主責部門，這個主責的部門可以是獨立的職能部門，如果這個部門只負責內控，其他啥事都不管，在行政事業(yè)單位應該是沒有這樣的部門，在企業(yè)有，一般叫內控部，或者風控部。單位如果沒有這樣的專職職能部門，那就在現(xiàn)有部門中確定一個牽頭部門，絕大多數(shù)單位選擇的是財務部門。除了牽頭部門主責，其他所有部門都是配合部門，比如負責資產(chǎn)、基建、合同的部門等部門。紀檢監(jiān)察部門獨立于牽頭部門，發(fā)揮內控審計、紀檢監(jiān)察的職能作用。
為達到單位內控體系設計與《內控規(guī)范》符合性的要求，我們在《內部控制手冊》中一般這樣設計：
一、內部控制建設工作牽頭部門
財務科是單位內部控制建設工作的牽頭部門，具體負責組織協(xié)調單位內部控制建設開展和提升工作。主要職責：組織梳理單位各類經(jīng)濟活動的業(yè)務流程，明確業(yè)務環(huán)節(jié)，系統(tǒng)分析經(jīng)濟活動風險，確定風險點，選擇風險應對策略，在此基礎上根據(jù)國家有關規(guī)定建立健全單位各項內部管理制度并督促相關人員認真執(zhí)行等。
二、內部控制建設工作主要參與部門
1、辦公室、人事科是單位內部控制建設工作的主要配合部門，負責配合財務科開展單位內部控制建設工作。主要職責：依照國家有關法律、法規(guī)及單位內部控制管理制度，在本科室職能范圍內組織協(xié)調其他科室參與內部控制制度的建設，協(xié)助財務科組織梳理單位相關經(jīng)濟活動的業(yè)務流程，督促相關科室及人員認真執(zhí)行等。
2、××科等業(yè)務科室是單位內部控制建設工作的參與部門，負責配合財務科推進單位內部控制建設工作。主要職責：依照國家有關法律、法規(guī)及單位內部控制管理制度，參與內部控制制度的建設，協(xié)助財務科組織梳理本科室經(jīng)濟業(yè)務活動流程，督促所屬人員認真執(zhí)行等。
三、內部控制建設工作評價與監(jiān)督部門
××科是內部控制評價與監(jiān)督工作的牽頭部門，負責組織和協(xié)調對單位內部控制建立與實施情況開展自我評價和內部監(jiān)督檢查工作，對單位內部控制的完善性、有效性等做出評價，編制《內部控制自我評價報告》。絕大多數(shù)單位都找不出承擔監(jiān)督職能的“××科”，我們建議單位成立評價與監(jiān)督小組，小組負責人為分管單位紀檢或黨建工作的分管領導，注意，這個小組的負責人不能是單位的“一把手”。
“三定”規(guī)定是單位的法定文件，但編委在編制“三定”時是不會考慮單位內控建設需求的。因此，單位需要在充分理解《內部控制規(guī)范》原則要求的前提下，結合“三定”及單位實際，設計符合規(guī)范要求的、適合單位的內部控制組織結構，劃分和明晰相關內控職責。
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